Conformément aux dispositions de l'article 15 de la Loi portuaire, l'exploitation des Ports couvre l'ensemble des activités à caractère industriel et commercial comprenant : la manutention, l'entreposage, le lamanage, le pilotage, le remorquage et les autres services rendus aux usagers du Port.
Cette exploitation fait l'objet d'autorisations, délivrées par les Ports à gestion Autonome à des sociétés de droit privé, qui peuvent revêtir la forme de concessions de service public ou de permissions à usage exclusivement privé.
Par ailleurs, conformément aux dispositions de l'article 32 du décret n°2004-699, « les Sociétés de Port à gestion Autonome sont autorisées à percevoir en rémunération des services qu'ils rendent aux usagers portuaires, des droits et redevances portuaires - droit de Port sur les navires, marchandises et passagers, droits de stationnement, redevances d'occupation et des redevances au titre des concessions et permissions ».
Ainsi, les services publics d'exploitation portuaire relatifs au chargement et au déchargement de conteneurs, de marchandises conventionnelles et de produits pétroliers au Port de Toamasina, ont fait l'objet de conventions de concession comprenant une occupation du domaine public portuaire, délivrées par la S.P.A.T. conformément aux dispositions de l'article 50 du décret n°2004-699 et établies suivant les dispositions de l'Arrêté n°24207/2004 du 14 décembre 2004 relatif au contrat type applicable en la matière.
Par ailleurs, diverses personnes morales publiques ou privées ont été autorisées à mettre en place et à exploiter un outillage à usage exclusivement privé, ou destiné à lui permettre d'exercer diverses activités commerciales et industrielles sur le domaine public portuaire dans le cadre d'une convention de permissions à usage exclusivement privé.
En respect des stipulations de l'article 3, alinéa 1er du Décret n°2004-703 cité supra, toutes les permissions à usage exclusivement privé, délivrées antérieurement par la S.E.P.T. ont été reprises par la S.P.A.T. conformément aux dispositions de l'Arrêté n°2708/2005 du 6 avril 2005 relatif au contrat type applicable en la matière.
Il faut noter toutefois que la S.P.A.T. continue à assurer des services publics rendus aux navires au sens de l'article 46 du Décret n°2004-699, tels que le remorquage, le pilotage, le lamanage, etc.
Dans le cadre de son nouveau statut de Port Propriétaire, la S.P.A.T est également chargée de l'entretien, de l'exploitation et de l'amélioration des établissements de signalisation maritime balisant les accès ainsi que des installations portuaires, matériels et équipements mis à sa disposition par l'État.