De 1901 à 1927, l'exploitation du Port a été l'affaire de sociétés privées appartenant au secteur des transports maritimes comme la Société du wharf.
Entre 1927 et 1935 vint un consortium franco-allemand dénommé "Société Anonyme de Manutention (S.A.M.)", formé par un groupement des usagers portuaires. L'appellation évoquerait un "Stevedore" dans la mesure où en ces temps-là, la S.A.M. se borna au travail de manutention sans avoir pris en charge les marchandises.
En 1943, les chemins de fer, qui étaient alors une "Régie d'Accostage et de Manutention", prennent en main l'exploitation du Port.
C'est en 1954 que fut créée la "Régie Nationale des Chemins de Fer", qui fut par la suite dénommée "Réseau National des Chemins de Fer Malagasy (R.N.C.F.M.)", à l'avènement de l'indépendance de Madagascar.
En 1970, le Port fut étatisé et acquiert les statuts de port autonome, calqués sur les statuts des Ports Autonomes Français, avec la différence que le Port de Tamatave détient le monopole de l'aconage (manutention et magasinage). Le "Port Autonome de Tamatave (P.A.T.)" est un Etablissement Public à Caractère Industriel et Commercial (E.P.I.C.), institué par les Décrets n°70-386 et n°70-387. Il gère en titre toutes les installations et tous les équipements portuaires, ainsi que la main-d'oeuvre nécessaire à l'exécution des opérations commerciales et à la gestion technique et financière du port. Le P.A.T. est soumis aux règles de la comptabilité publique. Sa gestion a été assurée par des techniciens et cadres américains jusqu'à la fin de l'année 1973.
En 1974, des cadres nationaux détachés de la fonction publique ont pris la relève.
En 1976, le Port de Toamasina est érigé en société d'État dite "Société d'Exploitation du Port de Tamatave (S.E.P.T)" par le Décret n°76-430 du 4 décembre 1976. C'est une Société Anonyme à Gestion Privatisée ou SAGP. Ce changement de régime a surtout été réalisé en vue d'assouplir la gestion du Port et de l'adapter aux besoins des activités commerciales et industrielles.
A partir de l'année 1985, la situation du Port a été régie par le Décret n°85-282 du 4 septembre 1985, portant refonte des dispositions des statuts de la S.E.P.T. Ce nouveau texte lui attribue le monopole des activités portuaires. C'est un établissement public régi par le droit commun des sociétés anonymes. Son actionnaire majoritaire, et en fait l'unique, est l'État.
Le 15 avril 1989, la S.E.P.T a adopté une politique d'ouverture et fut jumelée avec le Port Autonome de Nantes Saint-Nazaire.
Au cours de l'année 1996, le Gouvernement malgache s'est orienté vers une voie économique libérale et a adopté un programme économique et financier basé sur un désengagement progressif du secteur public des activités commerciales. Ce programme a été consigné dans le Document Cadre de Politique Économique (D.C.P.E), conjointement signé par le Gouvernement, la Banque Mondiale et le Fonds Monétaire International.
En application de cette politique, la Loi n°96-011 du 13 août 1996 portant désengagement de l'État des entreprises du secteur public a été adoptée par l'Assemblée Nationale. Ce texte constitue le point de départ de la privatisation des entreprises publiques à Madagascar.
Pour le cas de la S.E.P.T, société d'État à part entière, le Décret n°98-914 du 28 octobre 1998, modifiant l'article 3 du Décret n°85-282, prévoit l'extension de l'objet social sur d'autres activités en dehors de la manutention des marchandises et de la capitainerie, avec possibilité pour certaines activités d'être filialisées sur décision du Conseil d'Administration.
Le 5 septembre 2003, le Gouvernement malgache entérina la politique de désengagement de l'État du secteur productif et initia une réforme institutionnelle globale du secteur portuaire par la promulgation de la Loi n°2003-025 portant statuts des Ports et création de l'Agence Portuaire Maritime et Fluviale (A.P.M.F) en tant qu'organe d'administration et de régulation du secteur portuaire et maritime.
Le décret n°2004-699, portant application de la Loi n°2003-025 du 5 septembre 2003 portant statuts des Ports fut promulgué le 13 juillet 2004.
Conformément à l'Article 3 de la Loi n°2003-025, le Décret n°2004-702, publié le 14 juillet 2004 confère au Port de Toamasina le statut de Port d'Intérêt National à gestion autonome, délimite sa circonscription, crée la Société du Port à gestion Autonome de Toamasina (S.P.A.T.) et autorise l'État à participer à son capital.
Les statuts de la S.P.A.T. ont été approuvés par l'Arrêté n°166/2005 du 31 janvier 2005.
Suivant les dispositions de l'Article 4 du Décret n°2004-702 précité, les tâches d'exploitation commerciale exercées dans l'enceinte du Port de Toamasina sont attribuées à des sociétés de droit privé au titre de concessions, permissions et autorisations d'occupation temporaire du domaine public, délivrées par la S.P.A.T. Cette " exploitation des Ports couvre l'ensemble des activités à caractère industriel et commercial : manutention, entreposage, lamanage, pilotage, remorquage et autres services rendus aux usagers du Port ".
Ainsi, à l'issue d'un Appel d'Offres International, la concession de service public du terminal à conteneurs a été conclue et signée entre la S.P.A.T. et la société Madagascar International Container Terminal Services Limited (M.I.C.T.S.L.), le 16 juin 2005.
Le Décret n°2007-867 du 4 octobre 2007 relatif à la Société de Manutention de Marchandises Conventionnelles (S.M.M.C.) et approuvant ses statuts, entérine les nouvelles dispositions dictées par la loi sur les statuts des Ports et met en place dès le 1er janvier 2008, le deuxième concessionnaire de manutention de marchandises du port de Toamasina. Elle assure la gestion et l'exploitation des marchandises non conteneurisées dont les véhicules sur roues, les sacheries, certains minerais tels que le chrome, les métaux etc.